La Comisión permanente ejerce la dirección política de Nafarroa Bai, marcando las líneas generales de actuación. Su composición refleja la pluralidad existente en Nafarroa Bai, estando formada por dos miembros de cada partido y por tres independientes. Son miembros de la Comisión Permanente:

Uxue Barkos (Independiente) Karlos Garaikoetxea (EA.)   Pablo Lorente (Independiente) José Antonio Urbiola (EAJ-PNV)   José Luis Mendoza (Independiente) José Angel Agirrebengoa (EAJ-PNV)   Txentxo Jiménez (Aralar) Jesús Urra (Batzarre)   Dabid Garnatxo (Aralar) Josetxo Arbizu (Batzarre)   Koldo Amezketa (EA.)